在荒地迷路的小智一行人遇到「广美」，以水中神奇宝贝表演而出名的码头巡迴团明星。广美是水之民的后裔，可以体会水系神奇宝贝的内心。小智等人便听广美诉说著水之民流传已久的传说。原来在海洋深处，水之民的族人建造了「海之神殿－亚库夏」，里面供奉隐藏著珍宝「海之王冠」。这神殿只会在月全蚀的时刻出现，而目前谁也没看过这顶王冠的真面目。 这时出现追寻传说之谜的神奇宝贝保育家「杰克.渥克」（暱称杰奇）。原来杰奇的机密任务是要把苍海的王子──玛纳霏的蛋给安然送进神殿里。於是广美和小智等人也协助这项任务。 忽然这时！出现了有「魅影」之称的海盗船长开来的大型潜水舰。原来魅影想要夺取王冠，借住王冠的神力来策划征服世界。但是要解开王冠隐藏的谜团，似乎还需要靠玛纳霏的蛋。这时连火箭队都想过来分一杯羹，造成了大混乱！为了抵制魅影的阴谋，杰奇开始用 捕获游标藉助许多神奇宝贝的力量，小智他们也拿出自己的神奇宝贝準备应战。但毕竟对方的高科技潜水舰威力太强，顿时陷入危机！ 神秘的蛋此时发出灿烂的光芒，玛纳霏终於诞生了！隐藏於王冠珍宝里的秘密是？而玛纳霏的神秘力量又是？最后杰奇和小智等人的任务究竟能不能圆满成功呢？！现在，準备朝向海之神殿－亚库夏，目睹这精采的冒险吧！