《秒速5厘米》由描写贵树与明里再会的片段《樱花抄》，以旁人的视点描绘贵树的《宇航员》，以及表现两人精神上彷徨的标题短篇《秒速5厘米》三个部分组成（电影副标题为“a chain of short stories about their distance”意为：有关他们之间的距离的连续短篇故事。这是新海诚第三度讨谈“距离”问题了），片长60分钟左右。故事讲述因为小学毕业而离别的远野贵树和筱原明里两人，对相互抱有好感而时时记挂在心。但由于分别的阻隔只能把这份特别的感情寄予在别处。随着时间的流逝，终于有一天贵树在一个大雪天里决定去找明里，表白自己的内心……