故事发生在经历长久的血腥战斗后，逐渐和平的时代。在“ZOIDS BATTLE 机兽格斗赛”中，能将巨大的机兽操作自如，展现华丽的战斗竞技的这些战士们，被称为“ZI 强者”，被众人所憧憬崇拜。“ZI 强者”画分为许多联盟，主角 RD，就是隶属于“极速风暴”的 ZI 强者之一，操作着父亲遗留下来机兽，他的梦想就是有一天能找出父亲对他提过的“传说中的机兽”。