加鲁哥的噩梦已是3年前的事情了，突然世界各国都发生了国家领导人当众蒸发的事件，黑暗的野心再次笼罩全世界。莱丽雅在伦敦为成为一名记者而努力，虽然不被重用，但是她只要想起以前和John在一起的日子，就回重新鼓起勇气。在法国某地继续进行发明研究的John某日在海边救起一个失去记忆的少女，而远在伦敦的莱丽雅也接到一个自称知道[人间蒸发]内幕的人打来的电话，他们不知道自己又一次卷入了一场毁灭人类的阴谋……蓝宝石之谜是 GAINAX 的第一部电视动画作品。它根据凡尔纳的科幻小说《海底两万里》改编，经过适当扩展，成为了一部航海冒险故事。(编辑：心语剑)