2000年，在被称为“第二次冲击”的大灾害中，地球上近半数的人类失去了生命，世界各地一片狼藉。15年后，人类已经重建了家园，而不明巨型生物“使徒”却又频频来袭。
　　14岁的少年碇真嗣应父亲之召从避难地来到第三新东京市，刚到不久，就被卷入了军队和使徒的交战之中，危急时刻，一名美女出现救了真嗣。
　　美女是特殊机关NERV的官员葛城美里。葛城将真嗣带到了他的父亲——NERV总司令碇元渡面前。见到久别重逢的儿子，碇元渡并无半句温存的问候，而是直接命令他立刻坐上秘密开发的巨大机器人武器EVA初号机出击击退使徒。
　　性格内向又胆怯的真嗣不满父亲的不近人情，不肯出击。然而，当他看到少女驾驶员绫波丽身受重伤却不得不坚持上阵时心中不忍，于是勉强坐上了EVA。
　　从未接受过训练的真嗣初次出击，然而他所面对的是一场生死攸关的大战。掌握着世界命运的少年将如何作战？而“第二次冲击”背后的“人类补完计划”的真相又究竟是什么？